סלרי מכיל רעלים מסוימים הנקראים פסורלנים עם השפעות פוטנציאליות מסרטנות וגיטרוגנים עם תופעות פוטנציאליות נגד בלוטת התריס. סלרי הוא גם אחד הירקות הגבוהים ביותר בתכולת חומרי הדברה, אלא אם כן הוא מגדל באופן אורגני, ופגיע לסוג של עובש הנקרא מיקוטוקסינים. עם זאת ישנן דרכים לגדל, לבחור, להכין ולצרוך סלרי כדי למזער את הסיכונים הבריאותיים הנלווים אליו.
פסורלנס
סלרי מכיל סוג של רעלן טבעי הנקרא פסורלנים שיכול לגרום לעור להיות רגיש יותר להשפעות המזיקות של קרינה אולטרה סגולה, מצב המכונה פיטופוטודרמטיטיס. ככאלה, הם נחשבים פוטו-קרצינוגניים. על פי דויד ה. ווטסון בספרו "רעילים טבעיים באוכל", בישול, ובעיקר רותח, מפרק את הפסורלנים בסלרי אך לא משמיד אותם לחלוטין. ההשפעות של פיטופוטודרמטיטיס כוללות פריחות ושינוי צבע בעור, שלפוחיות וכוויות שמש.
גיטרות
הידועים גם בשם גלוקוזינולטים, גיטרותוגנים הם תרכובת העשויה מסוכר וגופרית שיכולה להשפיע לרעה על בלוטת התריס, כלומר מעכבת את ספיגת היוד שלה. על פי דוח שכותרתו "החשיבות התזונתית של רעלנים טבעיים במזונות צמחיים" שהובאה במאגר הצמחים הרעלים של ה- FDA, אומדן כי ז'יטרוגנים בירקות כמו סלרי מהווים כ -4 אחוז מהמקרים של זפק, או נפיחות של בלוטת התריס, בעולם אוכלוסייה אנושית.
הדברה
על פי דוח שפורסם בשנת 2010 על ידי קבוצת העמותות הסביבתיות לבריאות הציבור, קבוצת סלרי אורגנית נמצאת בראש רשימת "תריסר מלוכלך" של פירות וירקות המכילים חומרי הדברה רבים ביותר, עם 64 סוגים של חומרי הדברה בכל מנה. מכיוון שלסלרי אין עור מגן שיספוג חומרי הדברה מזיקים, צרכנים נוטים יותר לבלוע חומרי הדברה אלה בעת אכילת הירק. ההשפעות הכרוניות של חומרי הדברה שיורדים במזון על בריאות האדם הם עדיין נושא המחקר הרב. חומרי הדברה במזון נקשרו לתפקוד וחולי סרטן מסוימים. עדויות נוספות קישרו הדברה מזון לבעיות נוירולוגיות והתפתחותיות אצל ילדים, כולל הפרעות קשב וריכוז.
חנקות
סלרי עשיר בניטרטים, שכאשר הם נחשפים למיקרואורגניזמים מסוימים הכלולים במזון ובדרכי העיכול, ניתן להפחיתם לניטריטים רעילים. במינונים גדולים מספיק, ניטריטים יכולים לגרום למתמוגלובינמיה, או לאובדן יכולת נשיאת החמצן של המוגלובין ואפילו למוות. עם זאת, עדויות קישרו רק מקורות צמחיים עתירי חנקה לרעילות ניטריט אצל תינוקות.
מיקוטוקסינים
סלרי חשוף לתבניות מסוימות הנקראות מיקוטוקסינים, כולל אפלטוקסין או עובש שחור. אפלטוקסינים הם חומרים מסרטנים ידועים. השפעות בריאותיות אפשריות אחרות של צריכת mycotoxin כוללות כאבי בטן, הקאות, בצקות, עוויתות, נזק לכבד, ליקוי נפשי ובעיות בעיכול, קליטה וחילוף חומרים של מזון.
טיפים
פסורלינים על סלרי מקורם בפטריה שחומה המכונה ריקבון ורוד. יש לאכול סלרי בלבד ללא כתמים חומים כדי להימנע מנטילת פסורלנס. הימנע מצריכת חומרי ההדברה בסלרי אורגני על ידי קניית סלרי אורגני בלבד או ממגדל מקומי שאתה סומך עליו. חוסר העור שלו הופך את שטיפת כל חומרי ההדברה מהסלרי לכמעט בלתי אפשרית. אפילו הסלרי שנמצא במחקר של קבוצת העבודה הסביבתית מכיל חומרי הדברה רבים כל כך נשטף על ידי הסוכנות האמריקאית לפני בדיקה.