עם הופעת הפרוביוטיקה הנמכרת כתוספי בריאות, נהפך להתייחס לחיידקים בדרכי המעי כחיידקים "טובים" או חיידקים "רעים". האדם הממוצע מארח בערך 100 טריליון חיידקים במעיים, על פי המדריך לבריאות המשפחה לביה"ס לרפואה של הרווארד. חיידקים "טובים" מבצעים מספר פונקציות נחוצות בדרכי המעי. יש חיידקים "רעים" שאינם גורמים לבעיות כל עוד המספר שלהם נשאר נמוך אך יכולים לגרום לך להיות חולה אם הם מתרבים או נוסעים לחלקים אחרים בגופך.
הבסת חיידקים רעים
חיידקים טובים עוזרים למנוע מחיידקים רעים להתרבות ולגרום למחלות בכמה דרכים. הם משתמשים בחומרים מזינים כך שלחיידקים רעים אין גישה אליהם. לקטובצילים, הנמצאים בעיקר במעי הדק, וביפידובקטריה, הנמצאים בעיקר במעי הגס, שומרים על סביבה חומצית במעיים על ידי ייצור חומצה לקטית, מי חמצן וחומצה אצטית. סביבה חומצית מרתיעה את גידולם של חיידקים רעים. חיידקים טובים מחזקים גם את רקמת הרירית הקושרת את פנים המעיים, ומקשה על הרעלים להשיג אחיזת רגליים ולתפוס מקום מגורים.
עיכול תזונה
עיכול המזון תלוי בפעולות של חיידקים טובים, המפרקים סוכרים, חלבונים ושומנים מורכבים כך שגופך יוכל לספוג את האנרגיה שלהם. לקטובצילי, המיקרואורגניזמים הדומיננטיים המצויים במעי הדק, מפרקים חלבונים כמו גם לקטוז, שנמצא במוצרי חלב, וכולסטרול לספיגה.
סינתזת ויטמינים
ישנם חיידקים המסנתזים גם ויטמינים. Lactobacillus acidophilus מייצר ויטמין K. חיידקי חומצה לקטית מייצרים כמה ויטמינים מורכבים B, ואילו חיידקים enteric מייצרים ויטמין B-12.
סיוע למערכת החיסון
חיידקים טובים ממלאים תפקיד רב עוצמה בתמיכה במערכת החיסון. סוג אחד של לקטובצילוס, L. caseii, מייצר חיידקים, תרכובות המגבילות את צמיחתם של חיידקים מזיקים במעי הדק. חיידקים טובים מגדילים תאי דם לבנים המכונים תאי T, המסייעים בתגובת המערכת החיסונית לחיידקים מזיקים. סקירה של מחקרים זמינים שנערכו על ידי מינהלת הוותיקים Puget Sound Health Care System ופורסמה בגיליון אפריל 2006 של "העיתון האמריקני לגסטרואנטרולוגיה" מצא כי נטילת פרוביוטיקה, המורכבת מחיידקים "טובים", יכולה לקצר את משך השלשול לאחר מתן אנטיביוטיקה ובדלקות Clostridium difficile.
